艾滋病疫情让政府预算逐年增加
毋庸置疑，卫生部门最直接地受到艾滋病疫情的影响，原因是：艾滋病疫情会使更多人求助于医疗服务。非洲有的医院一度有超过一半的病床已被艾滋病患者占据，极大地加重了医疗机构的负担。艾滋病的治疗费用比其他大多疾病更高。
1998年埃塞俄比亚卫生部的一项预测研究表明，2014年埃塞俄比亚用于治疗艾滋病的费用在卫生部预算中所占的比例将可能达到1/3，而肯尼亚和津巴布韦的预计艾滋病支出比例则更高，到2005年，肯尼亚就可能达到1/2，而津巴布韦甚至可能达到近2/3。根据南非的政府统计数字，截至1999年底，南非艾滋病病毒感染者已占到其人口总数的10 010，政府用于对付艾滋病的财政预算逐年增加，1996/1997年度达6650万兰特，但这些费用可能还不够支付政府用于宣传、调查、统计、检测和研究方面的花销。南非德班市金伊瓦德医院里32%的病人是艾滋病病毒感染者，而死去的病人中由于患艾滋病而死亡的占50%。彭现美认为，艾滋病的治疗已经成为艾滋病感染严重的国家在医疗上的重大负担。
目前比较有效的艾滋病治疗方法是使用抗反转录病毒治疗药物。巴西在1999年为此花掉了3亿美元，为大约75000人提供了药物。一方面这种治疗显然非常昂贵，但另一方面，抗反转录病毒治疗延缓了艾滋病的发病过程，从而节省了艾滋病病毒感染者住院和治疗期间的费用，同时也节省了大量的治疗相关疾病的间接费用。如果没有抗反转录病毒药物，更多的艾滋病病毒感染者会由于免疫系统受损而出现机会性感染。据估计，在1997~1998年的一年内，巴西挽回了1. 36亿美元用于艾滋病病毒感染者住院和治疗的损失。
Bollinger指出，在财政和卫生资源有限的条件下，政府需要在三种相互竞争的国家经济活动中做出艰难的权衡：①治疗艾滋病，还是预防艾滋病病毒感染；②治疗艾滋病，还是治疗其他疾病；③把资源花费在卫生部门，还是投资于其他项目。
无论哪一种抉择都是困难的，完全依照经济学的分析方法理想化地找出最优分配方案显然目前还难以实现。这也将成为艾滋病经济影响研究的一个重大课题。
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